与其他种类坐便器比较，它的内部结构较为特殊，使用效果也更好。其工作原理是利用冲洗水在坐便器的排污管道内充溢水后构成的虹吸现象，然后有效的将污物排走。虹吸式排水的构造特性是便器体内有一个完好的管道，外形呈侧倒状“S”形，应用给水时的水位差促进虹吸作用的构成，由于不借水力冲走污物，所以池壁坡度较缓，池底也扩展了存水面积。因此虹吸式马桶有一个大的优点就是它的噪音小。